Maraming mga alegasyon ng katiwalian ang lumitaw sa kanyang ikalawang termino ng kanyang pamumuno. Maraming mga tao ang naghirap, at dahil dito tumaas ang kaso ng krimen at mga kaguluhan sa bansa. Ito ang naging dahilan sa pagbuo ng mga rebeldeng grupo katulad ng New People's Army (NPA), at ng Moro Islamic Liberation Front na naglalayon na magkaroon ng isang hiwalay na bansa mula sa Pilipinas.
