Dahil sa malakas na personalidad ni Luna at madalas na pagtuligsa sa plano ng pamahalaan, naging banta ito sa pamunuan ng unang pangulo na si Emilio Aguinaldo.
Habang
Ipinalagay ni Aguinaldo na si Bonifacio ay isang banta sa panganib ng bagong tatag na pamahalaan. Kaya bilang pangulo ng Rebolusyung Pampamahalaan, iniutos niya sa pamumuno ni Agapito Bonzon, na arestuhin si Bonifacio pati na ang kanyang mga kasamahan
TALIBABA: Subalit magpasahangga ngayon, marami pa ring haka-haka at agam-agam kung pano isinagawa ang parusang kamatayan kay Bonifacio at sa kapatid nitong si Ciriaco. Isa pa ring malaking palaisipan ang pagkamatay ni Bonifacio sa madugong kasaysayan ng himagsikan sa Pilipinas ).
