Isa sa mabigat na naging problema para sa pamahalaang Quirino ang HUK na nakabuo ng higit na maraming bilang ng kasapi sa panahon ng kanyang panunungkulan. Paano niya ito tinugunan?
Pinagbigyan niya ang mga nais at hiling ng HUK.

Tinugis niya ang lahat ng kaanib ng HUK

Nakipag-ayos siya sa mga kasapi ng HUK.

Hinirang niya si Ramon Magsaysay upang pakiusapan ang HUK na sumuko.